Sa puissance débute avec le premier couvent des filles de Saint-Dominique fondé en 1243 sur le territoire d'Amilly. Au XVIe siècle, sont construites les églises du Bourg et de Saint-Firmin, au XVIIè ce sont les bénédictines qui établissent leur autorité religieuse sur le Bourg. Au fil des siècles, par son abondance des lieux de culte, Amilly devient un fief ecclésiastique sans contrepoids seigneurial. L'activité économique se développe dès le Xe siècle, autour de l'utilisation des premiers moulins à vent, puis à eau. Au cours du XIVe siècle les Amillois se spécialisent dans l'administration du Buisson de Poncourt, ils y occupent longtemps la charge de "Concierge", responsables des Forêts. Ce sont les premiers signes de la volonté, toujours présente, d'exploiter le riche patrimoine "écologique" du Bourg.
A la fin du XIXe siècle, le véritable pouvoir communal commence à s'affirmer avec l'apparition d'une administration municipale embryonnaire et la fermeture des couvents. En septembre 1792, Amilly passe de l'État de terre écclésiastique à celui de commune. Le XIXe siècle est marqué par l'essor économique, avec les premiers concours agricoles à la Pailleterie et le travail, réputé, de filature de coton, de soie puis de lin du site du Gros Moulin. Après la deuxième guerre mondiale, la dernière filature disparaît, mais les zones industrielles et commerciales assurent la pérennité du développement économique de la ville.